Borelióza jde dle příznaků rozdělit na tři fáze. Udat konkrétní časové údaje jejich nástupu není příliš možné, neboť u každého jedince je její inkubační doba naprosto odlišná. Zatímco u někoho se první příznak může objevit za dva dny, u jiného jedince to mohou být klidně i dva měsíce. Typickým počátečním příznakem je erythema migrant, čili býčí oko. Tato rudá skvrna s bílým středem, se objeví v místě, kde bylo infikované klíště přisáto a pozvolna se rozšiřuje, až nakonec vymizí úplně. U přibližně třetiny pacientů však přítomnost erythema migrant chybí a projevuje se pouze mírně zvýšená teplota, malátnost a nevolnost. Je-li Lymská borelióza zachycena v tomto počátečním stádiu, není její léčba nikterak náročná.
Po bezpříznakovém období se nemoc vrací v plné síle. Již se jí podařilo rozšířit do organismu, přičemž s oblibou zasahuje klouby, stěny cév a obaly nervů. Právě napadení nervů sebou přináší pálení kůže, její necitlivost či pocity mravenčení. Často se projevuje obrnou nervů, obzvláště toho licního. Zasaženy mohou být i nervy močového měchýře, střev a srdečního svalstva. Nejčastěji bývají napadeny kolení klouby, u nichž se objevují otoky a bolest. Občas může na jemnější pokožce vyrůst boreliový lymfocyt, jenž se dá popsat jako drobná nafialovělá bulka. Bakterie napadají také centrální nervový systém, kde vyvolají zánět. Ten se projevuje vysokými horečkami, prudkými bolestmi hlavy, závratěmi, poruchami vidění, strnutím šíje a v krajním případě i obrnou. V této fázi onemocnění je již nutné přistoupit k dlouhodobé léčbě.
Třetí fáze se může projevit po několika měsících až letech. Postižené nervy vyvolávají řadu nepříjemných příznaků. Zánět na mozku je již v chronické fázi, což vyvolává poruchy soustředění, orientace a je zasažena i krátkodobá paměť. Klouby vykazují prvky artritidy, tedy výrůstky na kloubech, častou bolest a otoky. Pacient trpí řadou přidružených onemocnění, jimž se není kvůli oslabenému imunitnímu systému schopen bránit. Na pokožce se objevují zánětlivá ložiska. Při této fázi nemoci se lymská borelióza dá akorát potlačovat a mírnit tak její příznaky.